敦煌市博物馆成立于1979年，现馆建成于2011年。建筑方案由中国建筑设计研究院建筑大师崔恺主持设计，整个建筑外形、色调融长城、烽燧及古城堡式建筑等文化符号于一体，美观、庄重、大方。现馆建筑面积7500平方米，内设展厅、文物库房、放映厅、休息厅等,以《华戎交会的都市》为展览主题，共设6个展厅。博物馆内设施齐全，功能完善，是弘扬敦煌文化、展示敦煌古代文明的重要窗口，也是敦煌学又一个重要的研究基地。
敦煌市博物馆被列为2008年甘肃省首批免费开放的博物馆。拥有标准文物库房和文物展厅，常年举办以《华戎交会的都市》为主题的展览，展出文物1000余件，并负责全市境内文物的征集、宣传、管理、调查、维修等工作，是一个融文物保护、研究、征集、收藏、陈列展出于一体的综合性博物馆。
1995年被酒泉地区行署、敦煌市人民政府确定为爱国主义教育基地；2003年被确定为甘肃省爱国主义教育基地；2005年被国家文物局评为“全国文物工作先进集体”；2016年9月被酒泉市科学技术协会命名为“科普教育基地”；2017年5月，被共青团酒泉市委、酒泉市文明办授予“青年文明号”荣誉称号；2017年11月，被酒泉市科学技术协会表彰为酒泉市科普工作先进集体；2017年12月，被甘肃省人力资源和社会保障厅、甘肃省文物局评为甘肃省第一次可移动文物普查工作先进集体；2020年10月被评为酒泉市第一批民族团结进步教育基地；2020年12月被中国博物馆协会评定为“国家二级博物馆”。
